异地高考作为一个微观改革，经常被认为与宏观的户籍制度相冲突，也正因为异地高考属于社会系统性改革中的一环，所谓“牵一发而动全身”，尽管有人呼吁要以微观变量促进宏观变革，但由于诸多因素的掣肘，高考仍难与户籍剥离开来。一些外来务工者的子女，从学前就在流入地接受教育，向所在地缴纳了小学、初中、高中阶段的赞助费、借读费，却在高考来临时被打回原籍。且不说此举罔顾了外来工的劳动贡献，单从如今各地高中课改、自主命题的角度而言，在流入地学习、回原籍考试，必定出现的“水土不服”已令这些学生未考先输。
外来工子女在流入地高考无门的尴尬与无奈，有关部门并非不知，长期以来之所以此项改革难以向纵深发展，牵涉的是教育资源分配不公之类的老话题。一些重点大学招生越来越地方化，在办学所在地的招生比例居高不下，甚至出现教育割据的现象。而这些局面的形成又固化了所在地维护现有利益的心态，不难相信，高等教育资源丰富的省市有着担心外来人口挤占本地考生利益的隐忧。
